Cresset Flare 是由 Cresset 开发的一款集分子设计、药效团分析、结构活性关系（SAR）研究与分子对接于一体的综合性药物发现软件平台。它基于 Cresset 独有的 XED（eXtended Electron Distribution）电子分布模型，通过对分子静电场与疏水场的精确计算，帮助科研人员进行高效的先导化合物优化与虚拟筛选。
Flare 广泛应用于药物研发、生物技术公司以及高校科研实验室，适用于从早期 hit 发现到 lead 优化阶段的计算辅助药物设计（CADD）。
一、核心技术原理
1️⃣ XED 力场模型
Flare 的核心优势在于其 XED 力场，该模型：
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使用电子分布替代传统点电荷模型
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更真实地反映分子间相互作用
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精确描述氢键、疏水相互作用和静电作用
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对构象和结合模式预测更准确
相比传统分子力场（如 AMBER、MMFF），XED 在药效团识别和场匹配方面具有更高的敏感度。
二、主要功能模块
1️⃣ 分子场分析（Field-Based Modeling）
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生成分子静电场、疏水场和形状场
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可视化场等值面
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分子间场相似性比较
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用于SAR趋势分析
👉 适用于：先导优化、活性差异解释
2️⃣ 分子对接（Docking）
Flare 内置对接工具支持：
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自动识别结合位点
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多构象生成
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基于场匹配的打分函数
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与晶体结构比对验证
可导入 PDB 蛋白结构，支持蛋白预处理、氢添加和能量最小化。
3️⃣ SAR 分析与QSAR建模
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结构-活性关系可视化
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分子场贡献分析
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预测活性趋势
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数据表格与图形交互分析
适合构建定量结构活性关系模型（QSAR）。
4️⃣ 分子构象生成
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自动生成低能构象
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基于场匹配选择最优构象
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支持大分子和柔性分子
5️⃣ 虚拟筛选（Virtual Screening）
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基于场相似性快速筛选数据库
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支持大规模分子库
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输出打分排序结果
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可结合对接结果综合分析
三、软件优势
✅ 1. 场驱动建模（Field-Based Approach）
区别于传统形状匹配软件，Flare 强调“分子场”相似性，能更准确预测生物活性。
✅ 2. 可视化界面直观
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3D分子可视化
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场等值面交互展示
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拖拽式操作
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适合科研人员快速上手
✅ 3. 一体化工作流
从：
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分子构象生成
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对接
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SAR分析
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虚拟筛选
都可在同一平台完成。
四、适用行业与人群
🧪 制药企业
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小分子药物研发
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抗癌、抗感染、神经系统药物研究
🧬 生物技术公司
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先导化合物优化
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Hit-to-Lead 研究
🎓 高校与研究机构
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计算化学研究
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药物设计教学
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分子模拟实验
五、与其他软件对比
| 软件 | 核心特点 | 优势领域 |
|---|---|---|
| Flare | 场驱动建模 | 先导优化、场匹配 |
| Schrödinger | 物理化学力场 | 精细分子动力学 |
| MOE | 综合建模平台 | 多模块整合 |
| Discovery Studio | 企业级平台 | 大规模项目管理 |
Flare 更适合强调“电子场相互作用”的研究项目。
六、系统要求
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Windows
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支持 GPU 加速（部分计算）
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可导入常见分子格式（SDF、Mol2、PDB等）
七、典型应用场景示例
🔹 优化一个激酶抑制剂
🔹 分析类似物活性差异
🔹 基于已知活性分子进行虚拟筛选
🔹 解释晶体结构结合模式